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福建医科大学是福建省重点建设高校之一，其前身是创办于1937年的福建省立医学专科学校。1939年改名为福建省立医学院。1949年改称福建医学院。1969年，与福建中医学院、华侨大学医疗系合并，成立福建医科大学。1982年更名为福建医学院。1996年4月更名为福建医科大学，教育部卓越医生教育培养计划试点高校。