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大连医科大学药学院的前身是大连医科大学临床药学系，建于1993年，苏成业教授任系主任，2000年林原教授任临床药学系副主任，主持工作，2001年成立药学院，2004年刘克辛教授任药学院院长。学院设有药学专业（临床药学），1993年开始招收临床药学方向的学生，临床药学为国内第二家、辽宁省首家招生。自2003年起，药学院开始面向全国招收药学专业学生，药学专业学制四年，毕业时授予理学学士学位。
目前药学院有五个教研室，一个学生药学综合实验室，承担药理学、临床药理学、药物代谢动力学、药物分析学、药物化学、药剂学、天然药物化学、生物药剂学、药事管理学等多门专业课及专业基础课的教学。目前学院有中西医结合药理学博士点、药理学、微生物与生化药学硕士点、2名博士生导师和17名硕士生导师，还有国家食品药品监督管理局药物临床试验机构I期临床药代动力学实验室、辽宁省高校/科技厅重点实验室-药代动力学与药物转运重点实验室，临床药学被评为辽宁省示范专业。药理学被评为辽宁省精品课程，李淑媛、刘克辛、李卫平三位教授被评为大连医科大学教学名师。

学院现有教职工36人，在编教师25人，其中教授9人，副教授8人，讲师4人，助教4人；在编教师中博士13人，占52%，硕士11人，占44%，本科1人，占4%，实验技术人员8人。在编教师中一半以上有国外学习的经历。
该院现有在校499人，其中药学149人，临床药学350人。该院毕业生就业形势乐观，市场评价良好。毕业生分配去向有各医药企业、各地药物研究所、各大医院药剂科、高校、出国深造、读研等，多年来临床药学专业毕业生就业率达到100%。

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