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北京大学药学院是全国重点药学院（系）之一，也是国家最早建立的高等药学院校之一，其前身是北京大学中药研究所，始建于1941年。在此基础上，1943年建立北京大学医学院药学系；1952年医学院独立建院，随之改名为北京医学院药学系；1985年随学校更名为北京医科大学药学院；2000年4月更名为北京大学药学院。曾设本草、制药、药学、药检、药物化学、生药学、应用化学（医药）、药理学等专业，现设药学专业（六年制本硕连读）。药学专业于2007、2008年被批准为国家级、北京市级高等学校特色专业建设点，于2008年被批准为“国家理科基础科学研究和教学人才培养基地”（简称理科基地）药学专业点。北京大学药学院是一个以培养研究型人才为目标的药学院。

药学院走过了半个多世纪的历程，在学科建设、师资培养、教学、科研等方面都得到巨大的发展。曾培养出一大批科学家，是国内外药学科学家培养的摇篮。至今药学院已有四名教授遴选院士，其中王序教授、王夔教授、张礼和教授为中国科学院院士，楼之岑教授为中国工程院院士。

1943-1945年刘思职教授任系主任，1945-1947年陈同度教授任系主任，1947-1958年薛愚教授任系主任，1958-1966年王序教授任系主任，1978-1983年王序教授任系主任，1983-1988年王夔教授任系主任、院长，1988-1999年张礼和教授任院长。1999-2004年彭师奇教授任院长；2004 -2005年刘俊义教授任常务副院长；2005年-今，刘俊义教授任院长。

药学院由六系（化学生物学系，药物化学系，天然药物学系，药剂学系，分子与细胞药理学系，药事管理与临床药学系）、一室（天然药物及仿生药物国家重点实验室）、一所（应用药物研究所）、一中心（药学实验教学中心）组成。下设四个委员会：教学委员会、学术委员会、药物研究与开发委员会、对外合作交流委员会。

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